自身免疫性疾病（Autoimmune Disease，AID）其总体发病率约占全世界人口的3%~5%，其中美国高达5%~8%，我国也大约有4千万人口罹患此病。
MSCs具有向损伤部位迁移、向功能细胞分化、分泌生长因子和抗炎因子的免疫调节能力，维持或重塑其细胞功能。
MSCs通过细胞间直接作用、旁分泌等与免疫细胞相互作用，可抑制T细胞增殖、调节Th2/Th1细胞比例，并抑制细胞增殖和产生抗体等。 此外，MSCs还会影响自然杀伤细胞(NKC)和树突状细胞的细胞激活和成熟过程，调控调节性T细胞功能而产生免疫抑制作用。
系统性红斑狼疮(SLE) 有研究者发现异源同种MSCs可抑制SLE患者T细胞的增殖，并抑制蛋白激酶或糖原合成酶激酶信号通路介导的G1期或S期的转化。 2018年，南京鼓楼医院对81名接受异体间充质干细胞治疗重度难治性系统性红斑狼疮（SLE）患者，进行了平均长达5年的随访研究，发现接受干细胞治疗的患者5年总生存率高达84%。 截止目前，南京鼓楼医院风湿免疫科已完成近1000多例干细胞治疗红斑狼疮等自身免疫疾病，国际上遥遥领先。 类风湿性关节炎(RA) 在2020年，国内首个用于类风湿关节炎临床试验的治疗用干细胞产品获批。 强直性脊柱炎(AS) 2020年，一份临床研究中选取中山大学孙逸仙纪念医院2016年2月至2019年1月收治的40例强直性脊柱炎患者，随机分为对照组和观察组各20例。对照组采用免疫及生物制剂治疗，观察组采用脐带间充质干细胞移植治疗，对比两组的临床治疗效果，可观察组治疗总有效率高于对照组（P 治疗后，观察组的血沉、细胞间黏附分子、血清 TNF-α水平均低于对照组（P表明脐带间充质干细胞移植治疗强直性脊柱炎患者的效果显著。干细胞组的免疫指标明显降低，且患者疼痛程度缓解，活动指数评分下降，均优于观察组。 炎症性肠病 (IBD) 利用肪干细胞治疗克罗恩病合并肛瘘的前瞻性实验。利用手术结合自体脂肪干细胞局部注射的方式成功修复瘘管，另外瘘管的外口不完全闭合、分泌物减少，修复成功率达75％。
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