对这类疾病的治疗，通常以抗体、免疫抑制剂及皮质激素等为主要手段，但目前的治疗方式往往达不到临床预期效果，且还可能使患者出现严重感染、股骨头坏死等不良反应或后遗症。目前科研人员正在尝试使用间充质干细胞治疗自身免疫性疾病。
间充质干细胞是一种具有自我更新和多向分化潜能的成体干细胞，它不仅可以分化成各种功能细胞直接修复受损的组织器官，还具有优秀的抗炎和双向免疫调节功能。来源于脐带、胎盘、羊水等围产期组织的间充质干细胞，与成人组织来源相比，具有获取无痛苦、感染风险较低等优势，是治疗自身免疫性疾病的理想细胞来源之一。
干细胞与再生医学研究中心研发团队的研究显示，在过去十多年里越来越多的证据证明，围产期间充质干细胞主要通过释放多种细胞因子抑制过度激活的B淋巴细胞和T淋巴细胞，降低Th1/Th2、Th17/Treg和M1/M2比例，或者降低血清或者目标组织的促炎因子水平，同时提高抗炎因子水平。不仅如此，围产期间充质干细胞还能促进移植细胞的存活，并促进病损组织的血管再生。
动物实验表明，MSCs对SLE小鼠肾脏间质性改变、蛋白管型的沉积及ＣＤ３+淋巴细 胞的浸润有抑制作用，同时可以显著减少SLE小鼠血清ＴＮＦ-α、ＩＬ-６的水平，对小鼠SLE有治疗作用。
国内一项临床研究显示，对40例活动性难治性SLE患者应用异基因MSCs治疗，无移植相关不良事件的发生，１年的随访过程中60％患者有临床症状的改善， SLEDAI评分在3、6、9及12个月的随访中明显下降， 狼疮肾炎患者24h蛋白尿水平明显下降，血肌酐和尿素氮水平在第6个月时达到最低值。
另外，还有研究表明，MSCs的输注可减少SLE患者狼疮肾炎、弥漫性肺泡出血及难治性血细胞减少的发生。
临床研究表明，在165例对传统抗风湿药物 （DMARDs）治疗无效的活动性RA患者中，静脉注射人脐带血来源的间充质干细胞（hUC-MSCs） 加DMARDs药物较单独静脉注射DMARDs药物更能有效降低RA患者关节炎症状，降低血清CCP抗体及类风湿因子（ＲＦ）水平，说明异基因MSCs的应用可能为活动性RA患者提供一种安全且有效的临床治疗途径。
I型糖尿病（T1DM）是一种早发性糖尿病，通常是由于患者体内的胰岛β细胞被自身免疫系统破坏，胰岛素产生不足，营养物质代谢发生异常而发生的一种 AIDs。
发布在Archives of Endocrinology and Metabolism的一项前瞻性临床试验中1组新近发病的 T1DM 患者接受了为期 6 个月的同种异体 ADMSCs和胆钙化醇的联合治疗研究。
结果发现，治疗组患者的空腹C肽含量与糖化血红蛋白水平明显低于基线水平，并提示这种联合治疗对新近发病的T1DM患者的β细胞有保护作用。
临床研究显示，研究人员对另外４例患有重症难治性SSc患者应用异基因MSCs治疗，其中２例患者皮肤症状3周后有所改善。另外两例6周后得到改善。
一项hUC-MSCs治疗MS的临床对照研究显示，13例应用异基因hUC-MSCs与糖皮质激素联合治疗的MS患者与另外10例单独应用糖皮质激素治疗的ＭＳ患者相比，异基因hUC-MSCs与糖皮质激素联合治疗MS患者的EDSS评分及复发率明显降低。由此可见，异基因MSCs可能成为治疗MS的一种有效手段。
实验研究表明，hUC-MSCs可体外修复ＭＳ患者受损的Treg细胞的免疫调节功能。 许多研究证实了hUC-MSCs在ＭＳ治疗中的安全性及有效性 。
迄今为止，在NIH的ClinicalTrials.gov注册的干细胞治疗与自身免疫性疾病的相关研究已有多项，相信随着科学家的不断深入探索，干细胞终将造福自身免疫性疾病患者。随着研究和应用的进展，间充质干细胞在自身免疫性疾病方面的疗效逐渐凸显。干细胞疗法势必成为助力自身免疫性疾病康复的全新治疗方法。
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