干细胞治疗有两种类型：自体和同种异体。
自体干细胞，顾名思义就是使用患者自己的干细胞，通常从脂肪（脂肪）组织，外周血或患者自己的骨髓中收集。
通过事先收集，科学手段分离制造出可治疗用的干细胞，并在治疗的后期将其返输回患者体内。
同种异体干细胞移植，也很好理解就是使用供体（捐献者）的干细胞。我们知道干细胞可以从新生儿的脐带血或组织或者胎盘血液中收集。 不论是自体还是同种异体干细胞治疗，这两种方法都利用好的干细胞替代患者体内受损的细胞。
上面提到的两种类型的干细胞疗法具有各自不同的优劣势：
自体，因为自体干细胞治疗的干细胞，全部来自患者自己。可以降低副作用的风险。在新血液和免疫系统细胞的生产方面更快融入，不会形成排斥且风险较小。
同种异体 ，可用于治疗骨髓疾病患者，与自体干细胞治疗效果类似，因其不必要从自身提取，随取随用，且具有广谱性优势，所以也成为部分患者的选择之一。但其缺点也很明显，相对缺乏稳定性，难免会出现强度不一的排斥性。
上述是两种类型的干细胞疗法，整个干细胞的收集过程是相同的，仅在收集的来源上不同。
通过外周血收集（“外周血是除骨髓之外的血液，临床上常用一些方法把骨髓中的造血干细胞释放到血液中，再从血液中提取分离得到造血干细胞，我们把这样得到的干细胞称为外周血干细胞”）。
首先将患者或供体的血液收集，血液样本通过特定的医用机器收集血液形成的细胞。然后将收集的血液干细胞处理，冷冻并储存以备移植使用。
骨髓采集
医生从患者或捐赠者的骨盆骨中收集液体。然后将收集的液体骨髓加工，冷冻并储存（如果是自体的），将供体的干细胞保存在库中或用于移植治疗。
脂肪采集
通过抽取肚子上皮下脂肪，再进行提取分离。皮下脂肪也是干细胞采集中，最简便的方式之一，且对患者几乎没有伤害。与其他来源一样，脂肪中的干细胞可以收获并保存以备后用。
在治疗前，患者首先接受检查、调理身体。在这期间，患者将接受放射疗法或化学疗法以摧毁癌细胞。血小板，白细胞和红细胞计数急剧下降。也可以开具药物来削弱免疫系统。
在治疗期间，将收集好的干细胞解冻，然后使用IV线（如输血）将其置于患者体内。
这需要1到5个小时。当干细胞进入血液时，它们会流动直至到达骨髓，从而产生新的白细胞，血小板和红细胞。这称为植入，整个过程可能需要1至6周时间。
刚经历过治疗的患者最初几周身体都会很虚弱。术后患者将会被隔离，以避免免疫系统恢复期间被感染的风险。在等待骨髓生长的同时，医生一般建议他们留在家中或隔离在病房中。
干细胞移植两个月后，医生将采集血液样本，也可能从患者身上采集骨髓样本，以观察研究患者的身体是否正在产生所有类型的正常血细胞。同时观察保患者是否出现并发症。
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